返信が遅くなりました。
1.副文が主文より以前の時系列であるという事は、この本文中は、「私達は買い物を」が副文、「した後」（Nachdem）が従属接続詞、「喫茶店に入りました」が主文。という解釈で合っていますか？
「した」は副文に含まれるとは思いますが、おおよそ、そのご理解でいいと思います。
2.「私達が買い物から帰った時、エマはすでに喫茶店に居ました」という過去完了形の文を形成する際も
「Als wir Einkäufe gemacht hatten,Emma schon in ein Café.」ではなく、
「Nachdem wir Einkäufe gemacht hatten,Emma schon in ein Café.」になるという事でしょうか？
接続詞の als は「後」というような意味はなく、「時点」を表します。この場合、「私たちが買い物を終えた時点で、エマはカフェに（先に）行ってしまっていた」などのようにすることはできます：
⇒ Als wir mit dem Einkaufen fertig war, war Emma schon in ein Café gegangen.
この場合、副文と主文の主語が違う（片方は wir、もう片方は Emma）ので、nachdem は変ですね Emma も最初の買い物のところにいたのであればいいですが：
Nachdem wir Einkäufe gemacht hatten, ist Emma alleine weiter in ein Café gegangen. (私たちが買い物をして、その後で、エマだけはさらに一人でカフェに行った)
などです。
初学者
tmasa
